Geç başlangıçlı alzheimer hastalığı ve hepatosellüler karsinom ile ilişkili ortak moleküler yolakların ve anahtar biyobelirteçlerin biyoinformatik analizlerle araştırılması

Simple item page
dc.contributor.buuauthorPirim, Dilek
dc.contributor.buuauthorYılmaz, Ecem Buse
dc.contributor.departmentBursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü.tr_TR
dc.contributor.orcid0000-0002-0522-9432tr_TR
dc.contributor.orcid0000-0002-3486-7994tr_TR
dc.date.accessioned2021-04-08T08:13:59Z
dc.date.available2021-04-08T08:13:59Z
dc.date.issued2020-07-08
dc.description4.Çukurova Hepatoselüler Karsinoma Kongresi’nde (2729 Şubat 2020, Adana) sözlü bildiri olarak sunulmuştur.tr_TR
dc.description.abstractSon zamanlardaki çalışmalarda Alzheimer hastalığı (AH) ve kanser arasında bir bağlantı olduğu ortaya konmuş fakat ortak mekanizmayı açıklayacak yeterince kanıt mevcut değildir. Bu bağlantıyı araştıran birçok çalışmada özellikle meme, prostat ve akciğer gibi kanser türleri ile AH arasında ters ilişki olduğu gösterilmekle beraber hepatosellüler karsinom (HCC) ve AH arasındaki ilişki henüz aydınlatılmamıştır. Bu çalışmada, geç başlangıçlı AH (LOAD) ve HCC ile ilişkili RNA dizileme (RNA-seq) verilerini biyoinformatik araçlarla analiz ederek iki hastalığın patogenezinde etkin olması muhtemel ortak moleküler yolakları, ortak diferansiyel olarak ifade olan genleri (DEG) ve aday anahtar miRNA’ları tespit etmeyi amaçladık. RNA-seq veri setleri NCBI-GEO veri tabanından alınarak GREIN web uygulaması ile analiz edildi. Ortak DEG’ler tespit edilerek, fonksiyon zenginleştirme analizleri NetworkAnalyst ile yapıldı. Network görselleştirme ve hub gen tespiti Cytoscape programı ile gerçekleştirildi. Hub genleri hedef alan miRNA’lar mirDIP veri tabanı ile belirlendi. Analiz sonucunda iki veri setinde ortak disregüle olan 33 DEG tespit edildi ve network analizinde iki hastalığın moleküler etiyolojisinde olası rolü olan ortak 5 hub gen (HLA-A, HLA-C, TRIM31, HLA-DQB2, HLA-DRB) belirlendi. Ortak DEG'lerin immun sistemle ilişkili moleküler yolaklarda ve biyolojik süreçlerde etkin olduğunu gözlemlendi. Ortak hub genlerin koregülasyonunda potansiyel düzenleyici rolleri olabilecek iki hastalıkla da ilişkili olduğu tahmin edilen birçok miRNA bulundu. Sonuçlarımız, her iki hastalık için risk değerlendirmesi ve ilaç geliştirme yaklaşımları için kullanılabilecek ortak moleküler mekanizmayı in silico kanıtlarla vurgulamaktadır.tr_TR
dc.description.abstractRecent studies suggest a potential link between Alzheimer's disease (AD) and cancer yet lack of evidence exists to understand the shared mechanism underlying both diseases. Accumulating research investigating the association between AD and specific types of cancers such as breast, lung and prostate cancer claim inverse relationship between them however possible molecular relationship between AD and hepatocellular carcinoma (HCC) has not been well studied. In this study, we reanalyzed RNA-sequencing data sets related to late-onset AD (LOAD) and HCC to identify common differentially expressed genes (DEGs), molecular pathways as well as key miRNA regulators that may involve in the pathogenesis of both diseases. The data sets were retrieved from NCBI-GEO database and analyzed by GREIN web tool. Overlapped DEGs were identified and their functional enrichments were analyzed by NetworkAnalyst. Cytoscape software was used to visualize network and identify hub genes. MicroRNAs targeting the hub genes were also determined by mirDIP database. A total of 33 DEGs were found to be dysregulated in both datasets and five genes (HLA-A, HLA-C, TRIM31, HLA-DQB2, HLA-DRB1) were identified as hub genes that possibly involve in the shared molecular etiology of both diseases. Our analyses revealed that common DEGs are enriched in molecular pathways related immune system and multiple miRNA regulators are likely to coregulate the expressions of shared hub genes. The results emphasize in silico evidence of common molecular background for LOAD and HCC, which can be ultimately utilized for risk assessments and drug development approaches for both diseases.en_US
dc.identifier.citationPirim, D. ve Yılmaz, E. B. (2020).''Geç başlangıçlı alzheimer hastalığı ve hepatosellüler karsinom ile ilişkili ortak moleküler yolakların ve anahtar biyobelirteçlerin biyoinformatik analizlerle araştırılması''. Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 46(2), 161-168.tr_TR
dc.identifier.endpage168tr_TR
dc.identifier.issn1300-414X
dc.identifier.issue2tr_TR
dc.identifier.startpage161tr_TR
dc.identifier.urihttps://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/1107895
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.32708/uutfd.738750
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11452/19230
dc.identifier.volume46tr_TR
dc.language.isotrtr_TR
dc.publisherBursa Uludağ Üniversitesitr_TR
dc.relation.journalUludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi / Journal of Uludag University Medical Facultytr_TR
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergitr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectAlzheimer Hastalığıtr_TR
dc.subjectHepatosellüler karsinomtr_TR
dc.subjectBiyoinformatik; biyobelirteçtr_TR
dc.subjectMiRNAtr_TR
dc.subjectAlzheimer’s diseaseen_US
dc.subjectHub genen_US
dc.subjectBioinformatic; biomarkeren_US
dc.subjectHepatocellular carcinomaen_US
dc.subjectHub genesen_US
dc.titleGeç başlangıçlı alzheimer hastalığı ve hepatosellüler karsinom ile ilişkili ortak moleküler yolakların ve anahtar biyobelirteçlerin biyoinformatik analizlerle araştırılmasıtr_TR
dc.title.alternativeInvestigating the common molecular pathways and key biomarkers associated with late-onset alzheimer’s disease and hepatocellular carcinoma by bioinformatic analysisen_US
dc.typeArticleen_US
dc.typeAraştırma makalesitr_TR

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
46_2_6.pdf
Size:
1.08 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download

Collections

2020 Cilt 46 Sayı 2