Determination of phenotypic, serotypic and genetic diversity and antibiotyping of Yersinia ruckeri isolated from rainbow trout

dc.contributor.authorOnuk, Ertan Emek
dc.contributor.authorÇiftçi, Alper
dc.contributor.buuauthorAltun, Soner
dc.contributor.buuauthorDuman, Muhammed
dc.contributor.buuauthorBüyükekiz, Ayşe Gül
dc.contributor.departmentUludağ Üniversitesi/Veterinerlik Fakültesi/Su Ürünleri Hastalıkları Bölümü.tr_TR
dc.contributor.orcid0000-0001-7707-2705tr_TR
dc.contributor.orcid0000-0001-9096-875Xtr_TR
dc.contributor.researcheridT-1697-2019tr_TR
dc.contributor.researcheridAAG-8518-2021tr_TR
dc.contributor.scopusid56269221600tr_TR
dc.contributor.scopusid55568071100tr_TR
dc.contributor.scopusid55567777200tr_TR
dc.date.accessioned2023-05-05T10:34:12Z
dc.date.available2023-05-05T10:34:12Z
dc.date.issued2013
dc.description.abstractIn this study, 15 Yersinia ruckeri isolates that had been isolated from rainbow trout farms and 2 reference strains (serotype 1 and serotype 2) were examined in terms of phenotypic, serotypic and genotypic characteristics. Conventional microbiological and API 20 E tests were used to determine phenotypic characteristics of Y. ruckeri isolates and it was determined that the Y. ruckeri showed significantly homogenous profile by microagglutination test performed by using serotype 1 and serotype 2 immunsera, and 11 of 15 isolates were serotyped as serogroup 1 while the rest 4 were serotyped as serogroup 2. In Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis, Y. ruckeri isolates were genotyped within 2 separate clusters according to 70% similarity coefficient index and it was detected that first cluster includes 2 genotypes (YR1 and YR2) and second cluster includes 3 genotypes (YR3, YR4 and YR5). Furthermore, antibiotic resistance profiles of Y. ruckeri strains were determined and it was found that they were resistance to florfenicol, erythromycin, oxytetracycline and trimethoprim-sulphamethoxazole which have been licensed for fish health in Turkey. It is considered that findings obtained will form a basis to develop diagnosis kit and/or vaccination for Y. ruckeri.en_US
dc.description.abstractBu çalışmada gökkuşağı alabalığı işletmelerinden izole edilmiş olan 15 adet Yersinia ruckeri izolatının 2 adet referans suşla (serotip 1 ve serotip 2) karşılaştırmalı olarak fenotipik, serotipik ve genotipik özellikleri bakımından incelenmesi amaçlanmıştır. Y. ruckeri izolatlarının fenotipik özelliklerinin belirlenmesinde klasik mikrobiyolojik ve API 20 E testleri kullanılmış ve bu testlerde bakterinin oldukça homojen bir yapı gösterdiği belirlenmiştir. Serotip 1 ve serotip 2 immunserumlar kullanılarak yapılan mikroaglütinasyon testinde ülkemizden izole edilmiş olan 15 suştan 11’nin serotip 1, 4’ünün ise serotip 2 özellikte olduğu belirlenmiştir. Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) analizinde Y. ruckeri izolatları %70 benzerlik katsayısına göre 2 ayrı küme içerisinde gruplanmış, kümelerden birincisinin 2 (YR1 ve YR2), ikincisinin ise 3 genotip (YR3, YR4 ve YR5) içerdiği saptanmıştır. Ayrıca bu çalışmada Y. ruckeri izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları belirlemiş ve bu izolatların ülkemizde balıklarda ruhsatlı olan florfenikol, eritromisin, oksitetrasiklin ve trimetoprimsulfamethoxazole karşı direnç geliştirmiş oldukları saptanmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen bulguların Y. ruckeri için teşhis kiti ve/veya aşı geliştirme çalışmalarına temel teşkil edeceği düşünülmektedir.tr_TR
dc.identifier.citationAltun, S. vd. (2013). "Determination of phenotypic, serotypic and genetic diversity and antibiotyping of Yersinia ruckeri isolated from rainbow trout". Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 19(2), 225-232.en_US
dc.identifier.endpage232tr_TR
dc.identifier.issn1300-6045
dc.identifier.issue2tr_TR
dc.identifier.scopus2-s2.0-84872775679tr_TR
dc.identifier.startpage225tr_TR
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.9775/kvfd.2012.7606
dc.identifier.urihttps://vetdergikafkas.org/uploads/pdf/pdf_KVFD_1309.pdf
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11452/32574
dc.identifier.volume19tr_TR
dc.identifier.wos000321748400008tr_TR
dc.indexed.scopusScopusen_US
dc.indexed.trdizinTrDizintr_TR
dc.indexed.wosSCIEen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherKafkas Üniversitesitr_TR
dc.relation.bapUAP (V) 2009/13tr_TR
dc.relation.collaborationYurt içitr_TR
dc.relation.journalKafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisitr_TR
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergitr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectVeterinary sciencesen_US
dc.subjectOncorhynchus mykissen_US
dc.subjectYersinia ruckerien_US
dc.subjectAPI 20 Een_US
dc.subjectMicroagglutinationen_US
dc.subjectRAPD-PCRen_US
dc.subjectOncorhynchus-mykiss walbaumen_US
dc.subjectPseudomonas-aeruginosaen_US
dc.subjectAntimicrobial susceptibilityen_US
dc.subjectMolecular characterizationen_US
dc.subjectPolymorphic dnaen_US
dc.subjectStrainsen_US
dc.subjectFishen_US
dc.subjectPcen_US
dc.subjectAmplificationen_US
dc.subjectEpidemiologyen_US
dc.subjectMikroaglütinasyontr_TR
dc.subject.scopusOncorhynchus mykiss; Yersinia ruckerien_US
dc.subject.wosVeterinary sciencesen_US
dc.titleDetermination of phenotypic, serotypic and genetic diversity and antibiotyping of Yersinia ruckeri isolated from rainbow trouten_US
dc.title.alternativeGökkuşağı alabalıklarından izole edilen yersinia ruckeri suşlarının fenotipik, serotipik ve genetik farklılıklarının belirlenmesi ve antibioyotiplendirilmesitr_TR
dc.typeArticle
dc.wos.quartileQ4en_US

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
Altun_vd_2013.pdf
Size:
790.82 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description: