Broyler karkas ve yenilebilir iç organ kaynaklı Salmonella izolatlarının Salmonella Enteritidis ve Salmonella Typhimurium varlığı yönünden tiplendirilmesi
Loading...
Date
2023-06-22
Authors
Uğur, İrem
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Bursa Uludağ Üniversitesi
Abstract
Broyler kaynaklı Salmonella spp. izolatlarının S. Enteritidis ve S.Typhimurium varlığı yönünden tiplendirilmesi ve Gold Standart olan konvansiyonelserotiplendirmeye göre real time PCR’ın bu iki serovarın olası varlığının tespitindekietkinliğinin belirlenmesi amacı ile gerçekleştirilen çalışmada, 2021-2022 yıllarıarasında ISO 6579-1:2017 metodu ile izole edilmiş ve Salmonella spp. olduklarıdoğrulanmış, 104 adet karkas ve 57 adet yenilebilir iç organ kaynaklı olmak üzeretoplam 161 adet izolat ve aynı izolatlara ait PCR örnekleri analiz edildi. İzolatlarıntiplendirilmesinde konvansiyonel serotiplendirme ile S. Enteritidis ve S. Typhimuriumspesifik real time PCR (SE/ST-rPCR) analizi uygulandı.Çalışmada, tüm örnekler birlikte değerlendirildiğinde, konvansiyonelserotiplendirme ile izolatların %6,83’ü, SE/ST-rPCR analizi ile de %6,21’i serovarEnteritidis yönünden pozitif bulunurken her iki yöntemle de Typhimurium serovarınegatif olarak tespit edildi. Geleneksel serotiplendirme ile sırasıyla S. Virchow(%81,99), S. Schwarzengrund (%9,32), S. Enteritidis (%6,83), S. Bredeney (%0,62)serovarları bulunmuş olup izolatlardan ikisinin tiplendirilemediği belirlendi. SE/ST rPCR’ın relatif doğruluğu %99,37, duyarlılığı %90,91 ve özgünlüğü %100 ve her ikiyöntem arasındaki uyumun (κ: 0,94) neredeyse mükemmel olduğu saptandı.Sonuç olarak, yasal mevzuatta broyler örneklerinde aranması gereken ikiserovardan S. Typhimurium’un bulunmaması ve S. Enteritidis'in ise çok düşükprevalans oranlarında saptanmış olması, dominant serovarın S. Virchow ve ikinciprevalan serovarın ise S. Schwarzengrund olarak tespit edilmesi, broylerlerin S.Enteritidis ve S. Typhimurium dışında günümüzde farklı patojen serovarları dataşıdığını göstermesi yönünden güncel ve orijinal veri oluşturarak literatüre katkısağladı. Ayrıca, SE/ST-rPCR’ın Enteritidis ve Typhimurium serovarlarınınbelirlenmesinde konvansiyonel serotiplendirmeye alternatif olabileceği de belirlendi.
This study was conducted to determine the presence of S. Enteritidis and S.Typhimurium serovars within 161 total broyler Salmonella spp. isolates, originatingfrom 104 carcasses and 57 edible internal organs, which were isolated and confirmedby ISO 6579-1:2017 method as Salmonella spp., and to evaluate the efficiency of realtime PCR in comparison to Gold Standard conventional serotyping. Pure cultures andPCR products were used in conventional serotyping, and in S. Enteritidis and S.Typhimurium specific real time PCR (SE/ST-rPCR) analysis, respectively.Overall, 6,83% and 6,21% of the isolates were determined as serovarEnteritidis by conventional serotyping, whereas no serovar Typhimurium was detectedby either method. Conventional serotyping revealed serovars as S. Virchow (%81,99),S. Schwarzengrund (%9,32), S. Enteritidis (%6,83), S. Bredeney (%0,62), with 2isolates untyped. There was almost perfect agreement between two methods (κ: 0,94),with a 99,37% relative accuracy, 90,91% sensitivity, and 100% specificity.Study results indicated that broilers do not carry S. Typhimurium, one of thetwo serovars mandated to be absent by current legal regulations, and have lowprevalence of S. Enteritidis, and contributed original and up to date data to literatureby showing S. Virchow and S. Schwarzengrund as the first and the second dominantserovars in broilers, revealing current pathogen serovar carriage in broilers other thanS. Enteritidis and S. Typhimurium. Additionally, SE/ST-rPCR was determined as analternative to conventional serotyping for the detection of Enteritidis andTyphimurium serovars.
This study was conducted to determine the presence of S. Enteritidis and S.Typhimurium serovars within 161 total broyler Salmonella spp. isolates, originatingfrom 104 carcasses and 57 edible internal organs, which were isolated and confirmedby ISO 6579-1:2017 method as Salmonella spp., and to evaluate the efficiency of realtime PCR in comparison to Gold Standard conventional serotyping. Pure cultures andPCR products were used in conventional serotyping, and in S. Enteritidis and S.Typhimurium specific real time PCR (SE/ST-rPCR) analysis, respectively.Overall, 6,83% and 6,21% of the isolates were determined as serovarEnteritidis by conventional serotyping, whereas no serovar Typhimurium was detectedby either method. Conventional serotyping revealed serovars as S. Virchow (%81,99),S. Schwarzengrund (%9,32), S. Enteritidis (%6,83), S. Bredeney (%0,62), with 2isolates untyped. There was almost perfect agreement between two methods (κ: 0,94),with a 99,37% relative accuracy, 90,91% sensitivity, and 100% specificity.Study results indicated that broilers do not carry S. Typhimurium, one of thetwo serovars mandated to be absent by current legal regulations, and have lowprevalence of S. Enteritidis, and contributed original and up to date data to literatureby showing S. Virchow and S. Schwarzengrund as the first and the second dominantserovars in broilers, revealing current pathogen serovar carriage in broilers other thanS. Enteritidis and S. Typhimurium. Additionally, SE/ST-rPCR was determined as analternative to conventional serotyping for the detection of Enteritidis andTyphimurium serovars.
Description
Keywords
Salmonella, Serovar, Enteritidis, Typhimurium, Broyler, Karkas, İç organ, Carcass, Edible internal organ
Citation
Uğur, İ. (2023). Broyler karkas ve yenilebilir iç organ kaynaklı Salmonella izolatlarının Salmonella Enteritidis ve Salmonella Typhimurium varlığı yönünden tiplendirilmesi. Yayınlanmamış yüksek lisans tezi. Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü.