Et tipi tavuklarda enfeksiyöz bronşitis virus genotiplerinin belirlenmesi ve IBV-Aşı antikor düzeylerinin değerlendirilmesi

Abstract

Bu çalışmada, Türkiye’nin önemli kanatlı üretim merkezleri olan Balıkesir, Çanakkale, Bursa ve Manisa illerinde 393 broyler (Ross 308) çiftliğinden alınan örneklerden elde edilen Avian Coronavirus (ACoV) genotipleri moleküler düzeyde belirlenmiş ve bu genotiplere karşı kullanılan farklı canlı IBV aşı suşlarının etkinlikleri değerlendirilmiştir. Bu çiftliklerden alınan 7860 adet serum örneğinde ELISA yöntemi ile antikor titreleri ölçülmüş, çeşitli titre düzeylerinde aşılama sonrası oluşan koruyuculuk oranları analiz edilmiştir. Elde edilen verilere göre, IS VAR2 suşu en yüksek koruma profili göstermiş, özellikle GI-23 genotipine karşı düşük (%5,5) viral sirkülasyon ile yüksek derecede koruma sağlamıştır. H120-IS VAR2 aşı kombinasyonunda ise GI-23 varyantının %57,9 oranında tespit edilmesi, bu kombinasyonun söz konusu varyanta karşı yetersiz çapraz koruma sunduğunu göstermiştir. Benzer şekilde, 1/96-Massachusetts B48 kombinasyonu GI-23 genotipine karşı sınırlı etkinlik göstermiş (%64,7 viral sirkülasyon), CR8812-IS VAR2 kombinasyonu ise geniş spektrumlu koruma potansiyeli ortaya koymuş ve GI-23 varyantına rastlanmamıştır. Buna karşın, CR8812-H120 ve sadece H120 uygulanan gruplarda düşük koruma oranları gözlenmiş; bu gruplarda GI-23 sırasıyla %100 ve %50 oranlarında tespit edilmiştir. Bu bulgular, mevcut aşı suşlarının sahadaki baskın varyantlara karşı yeterli koruma sağlamadığını ortaya koymaktadır. Çalışmada, 393 broyler çiftliğinden alınan örneklerin %90,58’i ACoV pozitif bulunmuş, en yüksek pozitiflik oranı Balıkesir’de saptanmıştır. Sanger sekanslama ile 2020-2024 yılları arasında GI-23 genotipinin sahada baskınlığını koruduğu belirlenmiştir. GI-13 genotipi zaman zaman rekabetçi üstünlük sağlamakla birlikte, GI-23 karşısında kalıcı baskınlık kuramamış; GI-1, GI-12 ve GI-3 genotipleri ise sınırlı sayıda tespit edilmiştir. Bölgesel dağılımda Balıkesir’de GI-23 baskınken, Bursa’da GI-13 daha yaygındır. Yıllar içindeki moleküler analizler, GI soylarında rekombinasyon ve mutasyonlarla genetik çeşitliliğin arttığını göstermiştir. GI-1, GI-13 ve GI-12 genotipleri <%96 genetik benzerlik oranları ile yüksek evrimsel değişim geçirmişken, GI-23 göreceli olarak daha stabil kalmış ancak önemli varyant çeşitliliği içermektedir. Sonuç olarak, ACoV Türkiye’de endemik bir patojen olup, saha koşullarındaki genetik çeşitlilik aşı etkinliğini doğrudan etkilemektedir. Özellikle <%96 benzerlikteki suşların varlığı, mevcut aşıların koruyuculuğunu olumsuz etkileyebilir. Bu nedenle, aşı stratejilerinin baskın ve yeni varyantlara uyum sağlayacak şekilde dinamik olarak güncellenmesi zorunludur. Bu bağlamda, saha aşı suşlarının seçimi için Avian Coronavirus’un S1 gen bölgesine yönelik genotiplendirme işlemleri kritik önem taşımaktadır. S1 gen bölgesi analizleri, saha izolasyonları ile kullanılan aşı suşlarının protektotip yakınlığını belirlemede pratik ve önemli bir yöntemdir. Bu çalışma, Türkiye kanatlı sektöründe ACoV aşı tipleri ve aşılama stratejilerine yön verecek, literatürde yer almayan orijinal veriler sağlamayı hedeflemektedir.In this study, Avian Coronavirus (ACoV) genotypes obtained from samples collected at 393 broiler (Ross 308) farms in Turkey’s major poultry producing provinces Balıkesir, Çanakkale, Bursa, and Manisa were determined at the molecular level, and the efficacy of various live IBV vaccine strains used against these genotypes was evaluated. Antibody titers were measured in 7860 serum samples from these farms using the ELISA method, and post-vaccination protection rates at different titer levels were analyzed.According to the data obtained, the IS/VAR2 vaccine strain exhibited the highest protective profile, showing strong efficacy against the GI-23 genotype, with only 5.5% viral circulation, indicating robust immunity. In contrast, the H120– IS/VAR2 vaccine combination resulted in a 57.9% detection rate of the GI-23 variant, suggesting inadequate cross-protection. Similarly, the 1/96–Massachusetts B48 combination showed limited efficacy against the GI-23 genotype, with a 64.7% circulation rate. However, the CR8812–IS/VAR2 combination demonstrated a broadspectrum protective potential, with no GI-23 variant detected in that group. Conversely, groups vaccinated with CR8812–H120 or monovalent H120 exhibited low protection rates, with GI-23 detected in 100% and 50% of these groups, respectively. These findings highlight the insufficient protection provided by some currently used vaccine strains against the dominant field variants. Out of 393 broiler farms sampled, 90.58% were found to be ACoV-positive, with the highest positivity rate recorded in Balıkesir. Sanger sequencing performed on samples collected between 2020 and 2024 revealed the continued dominance of the GI-23 genotype in the field. While the GI-13 genotype occasionally gained competitive prevalence, it failed to establish lasting dominance over GI-23. The GI-1, GI-12, and GI-3 genotypes were detected in only limited cases. Regionally, GI-23 was predominant in Balıkesir, whereas GI-13 was more frequently detected in Bursa. Molecular analyses conducted over the years indicated increasing genetic diversity among GI lineages due to recombination and mutations. Genotypes such as GI-1, GI-13, and GI-12 exhibited less than 96% sequence similarity, reflecting significant evolutionary divergence. Although GI-23 remained relatively genetically stable, it still displayed substantial intra-genotypic variation. In conclusion, ACoV remains an endemic pathogen in Turkey, and the genetic heterogeneity observed in the field directly impacts vaccine efficacy. The presence of strains with <96% genetic similarity to vaccine strains can adversely affect immunoprophylaxis. Therefore, vaccine strategies must be dynamically updated to align with both dominant and emerging variants. Genotyping based on the S1 gene region of the Avian Coronavirus is of critical importance for the selection of appropriate vaccine strains, as it provides a practical and reliable method for assessing protecotypic compatibility between field isolates and vaccine strains. This study presents original data not yet available in the existing literature and aims to guide the development of effective IBV vaccination strategies and the selection of vaccine types in the Turkish poultry industry.