2020 Cilt 46 Sayı 2

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11452/18590

Browse

Browsing by BUU Author "Pirim, Dilek"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Geç başlangıçlı alzheimer hastalığı ve hepatosellüler karsinom ile ilişkili ortak moleküler yolakların ve anahtar biyobelirteçlerin biyoinformatik analizlerle araştırılması
    (Bursa Uludağ Üniversitesi, 2020-07-08) Pirim, Dilek; Yılmaz, Ecem Buse; Fen Edebiyat Fakültesi; Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; 0000-0002-0522-9432; 0000-0002-3486-7994
    Son zamanlardaki çalışmalarda Alzheimer hastalığı (AH) ve kanser arasında bir bağlantı olduğu ortaya konmuş fakat ortak mekanizmayı açıklayacak yeterince kanıt mevcut değildir. Bu bağlantıyı araştıran birçok çalışmada özellikle meme, prostat ve akciğer gibi kanser türleri ile AH arasında ters ilişki olduğu gösterilmekle beraber hepatosellüler karsinom (HCC) ve AH arasındaki ilişki henüz aydınlatılmamıştır. Bu çalışmada, geç başlangıçlı AH (LOAD) ve HCC ile ilişkili RNA dizileme (RNA-seq) verilerini biyoinformatik araçlarla analiz ederek iki hastalığın patogenezinde etkin olması muhtemel ortak moleküler yolakları, ortak diferansiyel olarak ifade olan genleri (DEG) ve aday anahtar miRNA’ları tespit etmeyi amaçladık. RNA-seq veri setleri NCBI-GEO veri tabanından alınarak GREIN web uygulaması ile analiz edildi. Ortak DEG’ler tespit edilerek, fonksiyon zenginleştirme analizleri NetworkAnalyst ile yapıldı. Network görselleştirme ve hub gen tespiti Cytoscape programı ile gerçekleştirildi. Hub genleri hedef alan miRNA’lar mirDIP veri tabanı ile belirlendi. Analiz sonucunda iki veri setinde ortak disregüle olan 33 DEG tespit edildi ve network analizinde iki hastalığın moleküler etiyolojisinde olası rolü olan ortak 5 hub gen (HLA-A, HLA-C, TRIM31, HLA-DQB2, HLA-DRB) belirlendi. Ortak DEG'lerin immun sistemle ilişkili moleküler yolaklarda ve biyolojik süreçlerde etkin olduğunu gözlemlendi. Ortak hub genlerin koregülasyonunda potansiyel düzenleyici rolleri olabilecek iki hastalıkla da ilişkili olduğu tahmin edilen birçok miRNA bulundu. Sonuçlarımız, her iki hastalık için risk değerlendirmesi ve ilaç geliştirme yaklaşımları için kullanılabilecek ortak moleküler mekanizmayı in silico kanıtlarla vurgulamaktadır.