Fen Bilimleri Enstitüsü / Institute of Science

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/11452/16

Browse

Now showing 1 - 20 of 342

Acacia nilotica (l.) metanolik yaprak ekstraktının anti-kanser potansiyelinin A549 ve H1299 hücre hatlarında araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2022-02-08) Assouyouti, Abdelaziz; Vatan, Özgür; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-7687-3284
Kanser, dünyanın birçok ülkesinde önde gelen ölüm nedenlerinden biri olmakla birlikte yaşam süresinin artmasının önünde önemli bir engel olarak yer almaktadır. Günümüzde, kanser gibi hastalıklara karşı yeni ilaçlar geliştirmek için çeşitli bitkisel ürünlerin araştırılması artarak devam etmektedir. Son yıllarda, çeşitli bitkisel ürünlerin farklı kanserlere karşı umut verici anti-kanser etkinliği gösterilmiştir. Bu bağlamda tez çalışmasında, özellikle subtropik coğrafyada halk arasında tıbbi amaçlar için kullanımı yaygın olan, Acacia nilotica (L) bitkisinin yapraklarından elde edilen metanolik ekstraktlarının anti-kanser potansiyellerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak, Akciğer kanseri hücre hatları olan A549 ve H1299 hücrelerinde sitotoksisitenin belirlenebilmesi için XTT ve Klononjenik testler, hücre ölüm modunun belirlenebilmesi için Annexin-V, DNA hasarlarının belirlenebilmesi için Komet yöntemi ve DNA hasar etmenlerinin belirlenebilmesi için hücre içi ROS testleri uygulanmıştır. XTT testi sonucunda A. nilotica yaprak metanolik ekstraktlarının A549 ve H1299 hücreler hatlarındaki IC50 değerleri sırasıyla 616,66 ± 11,71 µg/ml ve 198,05 ± 14,48 µg/ml olarak hesaplanmıştır. Klonojenik testte ise bu değerler A549 ve H1299 hücreleri için sırasıyla 212,66 µg/ml ve 56,06 µg/ml olarak belirlenmiştir. Komet testinde ise XTT testinden elde edilen IC12,5, IC25, IC50 ve IC75 değerlerinde maruz bırakılan A549 ve H1299 hücre hatlarında kuyruk uzunluğu, kuyruk % DNA ve olive kuyruk momenti hesaplanmış ve elde edilen sonuçlarda DNA iplik kırıklarında kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı artışlar olduğu belirlenmiştir. ROS testi sonuçları ise A. nilotica yaprak metanolik ekstraktının IC12,5, IC25, IC50 ve IC75 konsantrasyonlarına maruz bırakılan A549 ve H1299 hücrelerinde ekstraktların, hücre içi ROS düzeylerinde kontrol gruplarına göre istatistikî olarak anlamlı artışlara yol açtığı belirlenmiştir. Annexın-V testin sonuçları ise A. nilotica ekstraktın IC12,5, IC25, IC50 ve IC75 değerlerine 24 saat maruz bırakılan A549 ve H1299 hücrelerinde A. nilotica ekstraktının hücreleri apoptoza götürmediğini ve doğrudan nekroza sebep olduğunu belirlenmiştir.
Aerobiyolojik örneklerdeki sayım metodu değişikliklerinin atmosferik polen verileri üzerindeki etkileri
(Uludağ Üniversitesi, 2015) Takat, Gülşah; Çelenk, Sevcan; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada, Bursa ili atmosferinde 6 Eylül 2013 – 6 Eylül 2014 tarihleri arasındaki bir yıllık süre boyunca Lanzoni VPPS 2000 cihazı kullanılarak yapılan çalışmada, sayım metodundaki değişikliklerinin atmosferik polen verileri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Çalışmada, 4 boyuna hat ve 24 enine hat olmak üzere iki farklı sayım yöntemi kullanılmıştır. Çalışma sonucunda 4 hat ile yapılan sayım yöntemine göre 53 taksona ait 49 209 ve 250 bilinmeyen olmak üzere toplam 49 459 polen/m3, 24 hat ile yapılan sayım yöntemine göre 51 taksona ait 43 049 ve 138 bilinmeyen olmak üzere toplam 43 187 polen/m3 belirlenmiştir. Her iki yönteme göre yapılan incelemerlerde en yüksek polen miktarına Nisan ayında ulaşıldığı saptanmıştır. Nisan ayında 4 boyuna hat ile yapılan sayım yöntemine göre 38 taksona ait 13 623 ve 85 bilinmeyen olmak üzere toplam 13 708 polen/m3; 24 enine hat ile yapılan sayım yöntemine göre 37 taksona ait 11 922 ve 42 bilinmeyen olmak üzere toplam 11 964 polen/m3 tespit edilmiştir.
Ağır metal stresi koşullarında Verbascum olympicum Boiss. türünün enzimatik aktivitesi üzerinde araştırmalar
(Uludağ Üniversitesi, 2017-03-09) Akpınar, Ayşegül; Arslan, Hülya; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada Uludağ'ın sub-alpin ve alpin kuşağındaki bozulmuş alanlarda egemen olan ruderal bitki Verbascum olympicum Boiss. (Sığır kuyruğu)'a ait fideler laboratuvar koşullarında (gece/gündüz sıcaklığı 15°C/25°C, 16 saat ışık/8 saat karanlık periyot) Hoagland besin çözeltisinde yetiştirilerek farklı konsantrasyon ve sürelerde kadmiyum (Cd), krom (Cr), bakır (Cu), nikel (Ni) ve çinko (Zn) uygulamasına maruz bırakılmıştır. Örnekleme dönemlerinde hasat edilen, metal uygulanmış ve uygulanmamış (kontrol grubu) fidelerin kök ve yapraklarında biyokütle (mg KA), su içeriği (%), eriyebilir protein içeriği (mg g-1), lipid peroksidasyonu (MDA içeriği, nmol/g YA), hücre membran zararı (%), iyon sızıntısı (%), azot metabolizması (Nitrat redüktaz: NR, Glutamin sentetaz: GS) ve antioksidatif savunma sistemi enzimlerinin (Süperoksitdismutaz: SOD, Askorbat peroksidaz: APX ve Katalaz: CAT) aktivitesi tayin edilmiştir. Ayrıca yaprak kısımlarında klorofil içeriği (klorofil a, b ve total klorofil; mg/g YA) belirlenmiştir. Elde edilen veriler İki-Yönlü (Two-Way ANOVA) varyans testi ile analiz edilmiştir (α:0,05). Araştırılan metallerin çoğunlukla konsantrasyon ve uygulama süresine bağlı olarak biyokütle, su içeriği, eriyebilir protein ve klorofil içeriğinde azalışa, MDA, hücre membran zararı ve iyon sızıntısında artışa neden olduğu tespit edilmiştir. Nitrat redüktaz ve glutamin sentetazın metal uygulamalarından genellikle olumsuz etkilendiği, buna karşın antioksidatif savunma sistemi enzimlerinin (SOD, APX ve CAT) aktivitesinin uygulama süresi ve konsantrasyona bağlı olarak artma eğiliminde olduğu belirlenmiştir. Bu sonuçlar V. olympicum'un ağır metal stresinden bir dereceye kadar etkilenmesine rağmen ağır metaller ile başa çıkmak için güçlü bir antioksidatif savunma sistemine sahip olduğunu ve Uludağ'da bozulmuş alanlarda gelişip sekonder süksesyon sürecindeki rolünü ortaya koymaktadır.
Akciğer tümörlerinde ve cerrahi sınırındaki histopatolojik normal dokularda K-ras geni kodon 12 mutasyonu ve P53 gen mutasyonlarının araştırılması
(Uludağ Üniversitesi, 2005-01-10) Vatan, Özgür; Bilaloğlu, Rahmi; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Akciğer kanserleri, her yıl bir milyonun üzerinde yeni vaka tanımlaması ile dünyada kanser ölümlerinin en başta gelen nedenleri arasında yer almaktadır. K-ras ve p53 genlerini de içeren bazı onkogenler ve tümör baskılayıcı genler akciğer kanserlerinin gelişiminde önemli rol oynamaktadır. K- ras geni kodon 12 mutasyonlarının akciğer kanserlerindeki görülme sıklığı %15 ile %30 arasında değişmektedir. P53 gen mutasyonlarının akciğer kanserlerindeki görülme sıklığı küçük hücreli akciğer kanserlerinde %70 ile %80 arasında değişirken, küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde bu oran yaklaşık %50'ler civarındadır. Bunun dışında histopatolojik olarak normal değerlendirilen cerrahi sınır dokularındaki tümör hücreleri lokal tekrarlamalarda çok büyük rol oynamaktadır. Bu bağlamda duyarlılığı daha yüksek olan moleküler metotlar cerrahi sınırlardaki çok az sayıdaki tümör hücresinin bile belirlenebilmesini sağlamaktadır. Çalışmamızda 34 küçük hücreli dışı akciğer kanserli hastaya ait tümör ve histopatolojik olarak normal olduğu belirlenmiş cerrahi sınır dokularında K-ras kodon 12 ve p53 gen mutasyonlârı araştırıldı. K-ras kodon 12 mutasyonları PCR-RFLP yöntemi ile değerlendirilirken p53 mutasyonları PCR-HDA yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Üç örneğin (%8,82) sadece tümör dokularında p53 geninin 5. eksonunda mutasyon belirledik. Bununla birlikte bu üç örnek dışındaki iki örneğimizin (%5,88) tümör ve cerrahi sınır dokusunda K-ras kodon 12 mutasyonu belirledik. Çalışmamızda elde edilen mutasyon oranlarının düşüklüğü bize çalışma grubumuzu oluşturan hastaların karsinogenez sürecinde, daha farklı etmenlerin rol oynadığını düşündürmektedir. Bu etmenlerin somatik mutasyonlar dışındaki genomik değişiklikler yada daha farklı genlerdeki nokta mutasyonlar olabileceğini düşünmekteyiz. Ayrıca cerrahi sınırlarında mutasyon belirlenen hastaların daha yakından takip edilmesi gerektiğini düşünmekteyiz.
AL(OH)₃ nanopartikülünün ve etoposidin kanser ve sağlıklı insan akciğer hücreleri üzerindeki in vitro sitotoksik ve genotoksik etkilerinin araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2023-03-27) Hüriyet, Rumeysa Odabaş; Vatan, Özgür; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-3727-1352
Bu çalışmada, Al(OH)₃ nanopartikülünün tek başına ve kanser tedavisinde sıklıkla kullanılan kemotöropatik ilaç olan Etoposid ile insan akciğer kanser hücre hattı olan A549 hücreleri ve insan sağlıklı akciğer hücre hattı olan BEAS-2B hücre hattında sitotoksik ve genotoksik etkileri incelemiştir. Al(OH)₃ nanopartikülünün A549 ve BEAS-2B hücre hatlarında XTT test yöntemi kullanarak hesaplanan IC50 değeri sırası ile 9657,179 ± 354,42 µg/mL ve 9758 ± 138,42 µg/mL olarak hesaplanmıştır. Aynı zamanda bu hücre hatlarında aynı test yöntemi kullanılarak Etoposid’in IC75, IC25 ve IC12,5 değerleri hesaplanmıştır. Hesaplanan bu konsantrasyonlar ile Al(OH)₃ nanopartikülünün IC75, IC25 ve IC12,5 dozları ile kombin olarak A549 ve BEAS-2B hücre hatlarında sitotoksik ve genotoksik etkileri araştırılmıştır. Etoposid ve Al(OH)₃ nanopartikülünün birlikte kullanıldığında Etoposid’in etkinliğini anlamlı olarak arttırdığı XTT test yöntemiyle gösterilmiştir. Etoposid ve Al(OH)₃ nanopartikülünün kombin olarak kullanımı tek başına Etoposid’in kullanıldığı duruma göre kanser hücrelerine daha fazla genetik hasar verdiği komet test yöntemiyle gösterilmiştir. Bu genetik hasarın ROS kaynaklı olduğu DFCDA yöntemi ile gösterilmiştir. Sonuç olarak kemotörapatik bir ilaç olan Etoposid’in sitotoksik ve genotoksik etkinliğinin Al(OH)₃ nanopartikülü ile birlikte kullanıldığında anlamlı olarak arttığı görülmüştür.
Alginat kapsüllerinde tutuklanan Bacillus amyloliquefaciens α-amilaz enziminin farklı nişasta kaynaklarını hidrolizleme yeteneğinin araştırılması
(Uludağ Üniversitesi, 2009) Dinçbaş, Serhan; Demirkan, Elif; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada Bacillus amyloliquefaciens kaynaklı -amilaz enzimi kalsiyum alginat kapsüllerinde immobilize edilmiştir. Serbest (immobilize edilmemiş) ve immobilize enzimin farklı nişasta kaynakları (çözünür (Merck) ve patates, mısır, buğday, pirinç gibi lokal marketlerden satın alınan ticari nişastalar) üzerindeki hidroliz yetenekleri araştırılmıştır. Enzim immobilizasyonu %2 alginat ve %5 CaCI2 varlığında gerçekleştirilmiştir. İmmobilizasyon verimi yaklaşık %89 olarak saptanmıştır. Her iki enzim formunun kullanılan nişasta kaynaklarını benzer bir tarzda parçaladıkları görüldü. İmmobilize enzimin sırasıyla ticari patates>çözünür patates> tic. buğday>tic. mısır>tic. pirinç şeklinde hidroliz ettikleri, serbest enzimin ise sırasıyla ticari patates>çözünür patates>tic. mısır>tic. buğday>tic. pirinç nişastalarını en iyi parçaladıkları saptanmıştır. Nişastaların düşük ve yüksek konsantrasyonlarında fazla bir aktivite saptanmamıştır. -amilazın immobilize ve serbest formunun sırasıyla %8 ve 10, %1 pirinç nişastası varlığında etki göstermediği belirlenmiştir. Serbest ve immobilize α-amilaz enzimlerinin sırasıyla, 50-600 C’ler arasındaki sıcaklıklarda ve 6.0-6.8 pH değerleri arasında optimum aktiviteye sahip oldukları tespit edilmiştir. İmmobilize enzim yüksek sıcaklıklarda serbest enzimden daha stabildi. α-amilaz enzim aktivitesi metal iyonlarına bağlı olduğundan, farklı metal iyonları kullanılarak bunların enzim aktivitesi üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Hiçbir metal iyonunun göreceli olarak fazla bir aktivite artışı göstermemelerine rağmen, göreceli olarak bir değerlendirme yapıldığında Mg+2 ‘un her iki enzim formu üzerinde stimülatör etki yaptığı, buna karşın Cu+2’nun inhibitör etkisi saptanmıştır. Diğer yandan, serbest enzimin Li+2, Ba+2, Mn+2 ve Ca+2 varlığında immobilize enzime kıyasla daha aktif olduğu belirlenmiştir. Her iki formdaki enzimlerin subtsrat parçalanma ürünlerini belirlemek üzere yapılan ince tabaka kromatografisi sonuçlarına göre, enzimlerin nişastaları az miktarda glukoza, büyük miktarda da maltoz olmak üzere maltooligosakkaritlere ayrıştırdığı tespit edilmiştir. Serbest ve immobilize enzimlerin nişasta parçalanma ürünleri sırasıyla, G2=G3>G1 ve G2=G3>G1>G4 olarak görülmüştür.
Alpha-Amyrin molekülünün potansiyel genotoksik/antigenotoksik sitotoksik ve antioksidatif etkilerinin in vitro yöntemlerle araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2024) Bulut, Gülay; Kasımoğulları, Serap Çelikler; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0009-0000-1213-563X
Bitkilerden elde edilen ikincil metabolitlerin kullanımı, çeşitli biyolojik aktiviteleri nedeniyle bilimsel araştırmalarda giderek daha popüler hale gelmiştir. Bu maddeler, reaktif oksijen türlerini nötralize ederek radikal hasarı önlemede ve hastalıkları tedavi etmede onları etkili kılan güçlü antioksidan özellikler sergiler. Önceki çalışmalar, bitki kaynaklarından, özellikle bitki reçinelerinden izole edilen sekonder metabolit pentasiklik triterpenoid Alpha-Amyrin’in antidiyabetik, hepatoprotektif ve antioksidatif aktivitelerini araştırmış olsa da, bunun genotoksik/antigenotoksik profili hakkında sınırlı bilgi mevcuttur. Bu tez, Alpha-Amyrin’in potansiyel genotoksik/antigenotoksik ve antioksidan etkilerini in vitro olarak araştırmayı amaçladı. Bu amaçla için Alpha-Amyrin’in antioksidan kapasitesi DPPH ve CUPRAC testleri kullanılarak belirlendi. Ek olarak Alfa-Amirinin genotoksik/antigenotoksik aktivitesi, insan lenfosit hücrelerinde Tek Hücreli Jel Elektroforezi (THJE, COMET) ve mikronükleus (MN) analizleri kullanılarak değerlendirildi. DPPH testi Alpha-Amyrin için 2125 µM'lik bir IC50 değeri ortaya koyarken, CUPRAC testi 0,01627 µM Trolox eşdeğerliği/µM değerini gösterdi. Çalışmada 100 ve 400 µM dozda Alpha-Amyrin, genotoksik ajan olarak 500 µg/ml dozda Etil Metansülfonat (EMS) ve 10 µM dozda Paklitaksel (PAX) kullanıldı. Ayrıca EMS ve PAX ile kombinasyon halinde 400 µM Alpha-Amyrin kullanıldı. Alpha-Amyrin’in her iki dozunda daistatistiksel anlamlı bir genotoksik etki göstermediği belirlendi (p>0,05). Kombinasyon içeren deney gruplarında Alpha-Amyrin’in EMS tarafından indüklenen genetik hasarı düşürdüğü, PAX'ın genotoksik etkisini artırdığı gözlendi (p>0,05).
Anemone blanda’nın sağlıklı (Beas-2B) ve kanser (A549) akciğer epitel hücre hatları üzerindeki in vitro antiproliferatif ve antioksidan etkilerinin araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2022) İrkören, Sinem Fındık; Çinkılıç, Nilüfer; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-5187-9874
Kanser, tüm dünyada morbidite ve mortalitenin önde gelen nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Kanser, bulaşıcı olmayan hastalıklar dışında, kardiyovasküler hastalıklardan sonra ikinci önde gelen ölüm nedenidir. Son yıllarda, çeşitli bitkisel ürünlerin farklı kanserlere karşı umut verici anti-kanser etkinliği gösterilmiştir. Bu bağlamda tez çalışmasında, Anemone blanda bitkisinden elde edilen metanolik ekstraktlarının anti-kanser potansiyellerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak, insan sağlıklı bronşiyal epitel hücre hattı olan Beas-2B ve insan akciğer karsinoma hücre hattı olan A549 hücreleri kullanılmıştır. Sitotoksisitenin belirlenebilmesi için XTT testi ve Klononjenik testi, DNA hasarlarının belirlenebilmesi için Komet yöntemi ve hücre içi reaktif oksijen seviyesine etkilerini belirlemek için ROS testi kullanılmıştır. XTT testi sonucunda Beas-2B ve A549 hücre hatlarındaki IC50 değeri sırasıyla 21,90 μg/mL ve 21,25 μg/mL olarak, klonojenik testte ise bu değerler Beas-2B ve A549 hücre hatları için sırasıyla 24,57 μg/mL ve 27,62 μg/mL olarak belirlenmiştir. Komet testinde ise XTT ve Klonojenik testinde kullanılarak dozlara ek olarak H202’li kombine dozlarda eklenmiştir. Beas-2B ve A549 hücre hatlarındaki kuyruk uzunluğu, kuyruk % DNA ve olive kuyruk momenti hesaplanmış ve elde edilen sonuçlarda DNA iplik kırıklarında kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı artışlar olduğu belirlenirken H202’li dozlarda istatistiksel olarak azaldığı belirlenmiştir. ROS testinde komet testindeki aynı dozlar kullanılırken sonuçlarında ise Beas-2B için hücre içi ROS seviyesinde istatistikî olarak anlamlı bir değişiklik görülmemiştir. Kombine dozlarda ise Anemone ekstraktının ortalama hücre içi ROS seviyesini 40 μg/mL dozdan itibaren istatistikî olarak anlamlı şekilde azalttığı görülmüştür. A549 için ROS seviyesini istatistikî olarak anlamlı şekilde düşürürken H2O2 kombine dozlarda hücre içi ROS seviyesini istatistiksel anlamlı olarak düşürdü fakat 100μg/ml+1000 μM H2O2’lik kombine dozda ekstrakt H2O2'in etkisini arttırarak hücre içi ROS seviyesini istatistikî olarak anlamlı şekilde arttırdığı görüldü.
Anestezik inhalasyon ajanlarının etkisinin bazı biyokimyasal ve hematolojik parametreler ile araştırılması
(Uludağ Üniversitesi, 2008-06-30) Arı, Fatma; Dere, Egemen; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada, anestezik inhalasyon ajanlarının Bursa ilinde hizmet vermekte olan 4 farklı hastanede çalışan personel üzerindeki etkisi, bazı biyokimyasal ve hematolojik parametreler ile araştırılmıştır.Toplam 42 ameliyathanede çalışan 60 anestezi teknikeri, anestezik ajana maruz kalma süresine göre 6-10, 11-15 ve 16-20 yıl olacak şekilde 3 deney periyoduna ayrılmıştır. Deney grubu ile aynı yaş aralığında, farklı mesleklere sahip 60 birey kontrol grubu olarak seçilmiştir. 1 yıl boyunca 3'er ay ara ile alınan kan örneklerinde, ALT, AST, ALP, CK, LDH, GST ve amilaz aktiviteleri ile Na+ , K+, CK-MB, glukoz, üre, total protein, total bilirubin, total kolesterol, trigliserid seviyelerinin, lökosit, eritrosit ve trombosit sayısı ölçülmüştür. Elde edilen verilere istatistik uygulanarak değerlendirmeye alınmıştır.Çalışılan 120 bireyde zaman zaman normal sınırların dışında değerler görülmesine rağmen, 1 yıl boyunca ölçülen bütün parametrelerin ortalamasının, gerek kontrol gerekse deney grubunda normal değerler içerisinde olduğu görülmüştür. Sadece çalıştığımız enzimlerden kadınlarda AST ve LDH, erkeklerde ise ALT enziminin kontrol grubuna göre anlamlı sonuçlar verdiği, Na ve K ise sadece erkeklerde anlamlı olduğu görülmüştür (p<0.05).Sonuç olarak, çalıştığımız parametrelerden elde ettiğimiz verilerin rapor edilebilir değerler içerisinde olmadığı saptanmıştır. Bununla beraber, deney grubuna alınan 60 bireyin anketleri incelendiğinde, bireylerin ortak şikâyetlerinin; halsizlik, uyku hali, yorgunluk, unutkanlık, baş ağrısı, sinirlilik, dalgınlık olduğu, bazı bireylerin ise, kansızlık, panik atak, huzursuzluk ve ciltte bozulma gibi şikâyetlere sahip oldukları da dikkati çekmektedir.
Bir antimikrobiyal ajan olarak paraoksonaz1 (laktonaz) enziminin pseudomonas aerugınosa quorum sensıng ilişkili davranışlarına etkisinin incelenmesi
(Uludağ Üniversitesi, 2014) Aybey, Aynur; Demirkan, Elif; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Pseudomonas aeruginosa'da birçok virulans faktörü üretiminin düzenlenmesinde Quorum sensing (QS)'in rolü gösterilmiştir. P. aeruginosa'da yüksek antibiyotik direnci yeni tedavi seçenekleri arayışına yol açmış ve QS sisteminin inhibisyonu mercek altına alınmıştır. Bakterinin virulansında azalmaya yol açacak QS inhibitörü ajanların bulunması ile P. aeruginosa infeksiyonları tedavisinde yeni yaklaşımlar geliştirilebilir. Bu amaçla çalışmada, P. aeruginosa'da QS sinyal moleküllerini laktonaz aktivitesi ile hidroliz eden insan serum paraoksonaz 1 (hPON1) enzimi kullanılmıştır. hPON1 enzimi, amonyum sülfat çöktürmesi ve hidrofobik etkileşim kromatografisi (Sepharose 4B-L-tirozin-1-Naftilamin) yöntemleri kullanılarak saflaştırılmıştır. Saf enzim, SDS-poliakrilamid jel elektroforezi ile 43 kDa olan tek bir bant olarak saptanmıştır. 3 adet P. aeruginosa suşları büyüme eğrisi için değerlendirilmiş ve durağan faz süreleri tespit edilmiştir. Durağan fazdaki bakteri örnekleri hPON1 enziminin artan konsantrasyonu katılarak (0,1-10 mg/ml) üretilmiştir. Bu suşlar arasında, P. aeruginosa ATCC35032 üremesinin 2,5 mg/ml konsantrasyondan itibaren azaldığı bulunmuştur ve çalışmalara bu suş ile devam edilmiştir. Çalışmada, her bir davranış için farklı konsantrasyonlarda kullanılan hPON1 enziminin bakterinin virulans faktörlerini, hareketliliğini ve biyofilm oluşumunu azalttığı bulunmuştur. Ancak, hPON1 enzimi (0,1-10 mg/ml) virulans faktörlerinden elastaz ve LasA proteaz üzerine azaltıcı yönde bir etki göstermemiş, alkali proteaza karşı ise 0,1 mg/ml gibi düşük konsantrasyonda azaltıcı etkisi saptanmıştır. 0,3-5 mg/ml konsantrasyonları arasında piyosiyanin ve ramnolipid üretimlerinin 1,25 mg/ml'de önemli ölçüde azalmıştır. hPON1 enzimi (0,1-10 mg/ml), biyofilm oluşumu ve olgun biyofilmleri de 1 mg/ml'de %50 oranında azaltmıştır. Olgun biyofilmlerin EPS bileşenini yıkıma uğratmıştır. Enzimin 0,003-30 mg/ml konsantrasyonları arasında kayma, yüzme ve titreme hareketlerine azaltıcı etkisi düşük konsantrasyon olan 0,3 mg/ml'de oldukça yüksek olmuştur.
Antineoplastik ajanlardan muphoran ve navelbinenin mutajenik etkisinin insan lenfosit kültürlerinde araştırılması
(Uludağ Üniversitesi, 2004-04-09) Çelikler, Serap; Bilaloğlu, Rahmi; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada, değişik kanser tiplerinin kemoterapisinde kullanılan iki antineoplastik ajan olan Navelbine ( Vinorelbine ) ve Muphoran'ın ( Fotemustine ) genotoksik -etkileri araştırılmıştır. Bu amaçla insan lenfosit kültürlerinde kromozom aberasyon ve kardeş kromatid değişim ( SCE ) testleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmada Muphoran bileşiği, toz halinde olduğundan steril distile suda çözülerek 2 u-g/ml, 4 fig/ml ve 8 ug/ml dozlarda steril koşullar altmda lenfosit kültürlerine verilmiştir. Kültürlere uygulanan rutin harvest yöntemi ile elde edilen preparatlara giemsa boyama yapılarak kromozom aberasyon frekansı değerlendirilmiştir. Muphoran'ın insan lenfosit kültürlerinde meydana getirdiği kromatid ve kromozom tipte kırıklarda doza bağlı olarak anlamlı bir artış gösterilmiştir. İlacın oluşturduğu toplam aberasyonlar değerlendirildiğinde de doza bağlı olarak anlamlı bir artış görülmektedir. Aynı zamanda Muphoran mitotik indeks oranlarında da doza bağlı olarak anlamlı bir düşüşe sebep olmuştur. SCE preparatlarına ise fluoresan plus giemsa boyama yapılarak SCE'ler değerlendirilmiştir. Muphoran'ın meydana getirdiği SCE oranlarında anlamlı bir artış olduğu gösterilmiştir. İlacm meydana getirdiği kromozom aberasyonları ve SCE'ler açısından kadın ve erkek bireyler arasında anlamlı bir faklılık olmadığı belirlenmiştir. İlaç dozlarına bağlı olarak meydana gelen kromozom hasarları ve SCE'lerde, doz-yanıt ilişkileri açısından bireysel farklılıklar olduğu belirlenmiştir. Diğer kanser ilacı olan Navelbine bileşiği ise, intravenöz solüsyon halinde olduğundan steril distile su ile seyreltilerek 0,5 jag/ml, 1 |ig/ml ve 2 ug/ml dozlarda olmak üzere, steril koşullar altında lenfosit kültürlerine ilave edilmiştir. Kültürlere uygulanan rutin harvest yöntemi ile elde edilen preparatlara giemsa boyama tekniği uygulanarak, kromozom aberasyon frekansı değerlendirilmiştir. Navelbine uygulaması,11 lenfositlerde doza. bağlı olarak artış gösteren anlamlı bir aneuploidiye sebep olmuştur. Bunun yanında, ilacın mitoz durdurucu etkisinden kaynaklanan mitotik indekste artış söz konusu olmuştur. Ayrıca anlamlı olmayan kromatid ve kromozom kırıkları da meydana gelmiştir. SCE testi için ise, preparatlara fluoresan plus giemsa boyama yapılarak, SCE' ler değerlendirilmiştir. Navelbine uygulaması ile doza bağlı olarak SCE oranlarında anlamlı bir artış olduğu gösterilmiştir. İlacm etkisiyle oluşan kromozom aberasyonları ve SCE'lerde, doz-yanıt ilişkisi açısından, bireysel farklılıklar olduğu ortaya konmuştur. Sonuç olarak çalışmamızda genotoksik etkileri araştırılan Navelbine ve Muphoran bileşiklerinin insan lenfosit kültürlerinde kromozom aberasyon ve SCE testlerine pozitif sonuç verdikleri belirlenmiş ve önemli genotoksik etkilerinin olduğu ortaya konmuştur.
Arnebia densiflora (Enik otu) bitki köklerinin boyama niteliklerinin incelenmesi
(Uludağ Üniversitesi, 1998-03-05) Ağmil, Ayfer; Malyer, Hulusi; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada, Boraginaceae familyasına ait iç Anadolu Bölgesinden toplanmış Arnebia densiflora (Nordm.) Ledeb. köklerinin içerdiği boyanın saf yünden dokunmuş, kumaş parçaları üzerindeki boyama özelliği, renk değişimi, yıkama ve ışık haslıkları verilmiştir. Bu bitki kökleri ile 8 boyama metodu denenmiş ve değişik tonlarda çeşitli renkler elde edilmiştir.
Arpanın cas geni homoloğunun klonlanması ve külleme hastalığına karşı dirençlilikte ekspresyon seviyesinin incelenmesi
(Uludağ Üniversitesi, 2014) Sevinç, Cansu; Ersoy, Figen; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bitkilerde hastalığa karşı dirençlilik, bu konu üzerinde çok fazla araştırma olmasına rağmen hala çözümlenmemiş bir konudur. Dayanıklılıkta korunmuş olan elementlere, dirençli bitkilerin geliştirilmesi ve hastalık direncini anlamak için ihtiyaç duyulmaktadır. ''Gen için gen dirençliliği'' hipotezine göre bitkilerde bulunan R (dirençlilik) proteinleri hastalık yaratan organizmada bulunan Avr (avirulans) proteinini tanımaktadır. Bu tanımadan sonra R proteini bir sinyal iletim mekanizması başlatmakta ve bitkinin aşırı hassas tepki vererek, hidrojen peroksit (H2O2) biriktirmesine ve saldırıya uğrayan hücresinin ani ölümüne sebep olmaktadır. Bu durum dirençli bitkide patojenin yayılmasını engellemektedir. Patojenin algılanması ile aşırı hassas tepkinin oluşması arasında bulunan yolak henüz aydınlatılmamıştır. Arpa Mla6 geni külleme hastalığı etmeni olan Blumeria graminis f. sp. hordei (Bgh) patojenine karşı dirençlilikten sorumlu genlerden biridir. Çalışmada amaç Hücresel Apoptoz Duyarlılığı (CAS) gen parçasının susturma çalışmalarında kullanılabilmesi için klonlanması ve Mla6 tarafından sağlanan dirençlilik mekanizması sırasında ekspresyon düzeyininin incelenmesidir. Bu amaca yönelik olarak Bgh103 (64/01) izolatı ile enfekte edilmiş Pallas 01 bitkilerinden uygulama sonrasında 6., 12., 24. ve 72. saatlerde örnekler alınarak eş zamanlı PZR reaksiyonu ile transkript seviyeleri tespit edilmiştir. CAS transkript seviyesi 12. saat örneğinde 2,5 kat artış göstermiştir ve bu genin Mla6 tarafından yönlendirilen dirençlilik mekanizmasında rol alma ihtimalini kuvvetlendirmiştir.
Asphodelus aestivus Brot. türünün nitrat özümlemesi üzerinde araştırmalar
(Uludağ Üniversitesi, 2009-08-26) Sakar, Fatma Selcen; Güleryüz, Gürcan; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Asphodelus aestivus Brot. (Liliaceae) çok yıllık yumrulu geofittir. Tür, Akdeniz bölgesinde tarım alanlarındaki eğimli yerlerde, yol kenarları boyunca çayır ve otlak alanların kalkerli topraklarında yayılıs göstermektedir. Bu çalısmada, A. aestivus türünün farklı organlardaki (yumru kök, çiçek tasıyan gövde, yaprak ve çiçek) nitrat redüktaz (NR) aktivitesi ve köklerin çevresindeki topraktaki güncel mineral azot (NO3 - ve NH4 +) bir yıl boyunca arastırıldı. Ayrıca, türün yayılıs gösterdiği habitatlardaki populasyonlar güncel nitrat içeriği ve farklı organlardaki NR aktivitesine göre karsılastırıldı. En yüksek NRA yapraklarda saptanmıs olmakla beraber, çiçek ve yumrulu kökler gibi diğer bitki kısımlarının da nitrat özümleme kapasitesine sahip olduğu saptandı. Uygun kosullardaki yüksek nitrat özümleme kapasitesinin bu türün Akdeniz bölgesindeki gelisimi ve egemenliğinde iyi bir strateji olduğu görüldü. Yapraklardaki nitrat özümlenmesi ve toprakların güncel nitrat içerikleri mevsime bağlı değisim gösterdi. Toprakların nitrat içeriğine bağlı olarak nitrat özümlenmesi kıs aylarında artıs gösterdi.
Aspiculuris tetraptera ile doğal enfekte farelerde olea europaea l. (zeytin) yaprak ekstresi ve fenolik bileşeni olan oleuropein’in antihelmintik etkisinin incelenmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2022-01-28) Kamran, Muhammad Asad; Yıldırımhan, Hikmet Sami; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0001-8270-3153
Bu çalışmada Olea europaea L. (Zeytin) bitkisinin yaprak ekstresi ve fenolik bileşeni olan oleuropein’in doğal enfekte farelerde Aspiculuris tetraptera’ya karşı antihelmintik etkisi araştırılmıştır. Aspiculuris tetraptera ile doğal enfekte 91 adet Balb/c fare, fekal flotasyon yöntemi ile tespit edilmiştir. Enfekte fareler 7 gruba ayrılmış ve ad libitum beslenmiştir. Olea europaea’nin 3 ve oleuropein’in 2 farklı dozu uygulanmıştır. 1. Grup (Kontrol grubu) farelere gavaj yoluyla su verildi. 2. grup farelere 10 mg/kg Albendazol ilacı verildi. 3. grup farelere Olea europaea 250 mg/kg, 4. grup farelere Olea europaea 500 mg/kg ve 5. deneme grubu farelere Olea europaea 1000 mg/kg’lık dozları gavaj yoluyla uygulandı. Aynı şekilde, 6. grup farelere 5 mg/kg oleuropein ve son olarak 7. deneme grubu farelere ise 20 mg/kg oleuropein ağız yoluyla verilmiştir. Dozlar, 7 gün boyunca verilip 8. gün tüm hayvanlara nekropsi yapıldı ve stereomikroskop altında Aspiculuris tetraptera parazit sayılarına bakıldı. Etkinlik yüzdesi ve p değerleri Mann-Whitney U analiz programıyla hesaplandı. Albendazolün etkinlik oranı %92,43 olarak hesaplandı. Olea europaea 250 mg/kg dozunun %70,56, Olea europaea 500 mg/kg dozunun %63,18, Olea europaea 1000 mg/kg dozunun %92,19, oleuropein 5 mg/kg dozunun %9,27 ve oleuropein’in 20 mg/kg’lık dozunun %70,56 oranında antihelmintik etkisini gösterdiği belirlendi. Albendazol ve Olea europaea 1000 mg/kg dozunun en yüksek, 5 mg/kg oleuropein dozunun en düşük etki değerine sahip olduğu görülmüştür. P değerlerine bakıldığında Olea europaea 1000 mg/kg dozunun önemliye yakın (P=0,05), Albendazolun önemli (p˂0,05) ve 1, 3, 4 6 ve 7 grupların da önemsiz (p˃0,05) olduğu görüldü. Olea europaea ve oleuropein dozları arttıkça Aspiculuris tetraptera’ya karşı antihelmintik etkisinin yükseldiği gözlemlendi.
Aspiculuris tetraptera ile doğal enfekte farelerde rosmarinus oficinalis L. (Biberiye) ve rosmarinik asidin antihelmintik etkisinin araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2021-03-15) Eylek, Buket; Yıldırımhan, Hikmet Sami; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-4431-5317
Bu çalışmada Rosmarinus officinalis L. (Biberiye ) bitkisinin ve bu bitkinin bir bileşeni olan Rosmarinik asidin doğal enfekte farelerde Aspiculuris tetraptera’ya karşı antihelmintik etkisi araştırılmıştır. Aspiculuris tetraptera ile doğal enfekte 90 adet Balb/c fare dışkı flotasyon yöntemi ile bakılarak tespit edilmiştir. Rosmarinus officinalis'in 3 dozuna bakılmıştır. Enfekte fareler 6 gruba ayrıldı. 1.Grup Biberiye bitkisinin yaprak ekstraktı 250 mg/kg, 2.grup R. officinalis 500 mg/kg, 3.grup R. officinalis 1000 mg/kg, 4.grup Rosmarinik asit, 5.grup, albendazol, 6.grup serum fiyolojik'dir. Bütün gruplar 7 gün boyunca gavajla beslenmiştir. 8.gün tüm hayvanlar ötanazi yapılarak içerdikleri parazit sayılarına bakıldı. Etkinlik yüzdesi ve p değerleri hesaplandı. Etki değerleri albendazolün %89,1399, rosmarinik asidin % -8,17, 250 mg/kg biberiye dozunun %25,44, 500 mg/kg biberiye dozunun %46,54, 1000 mg/kg biberiye dozunun %7,16‟dır. Albendazol en yüksek, rosmarinik asit ise en düşük etki değerine sahiptir. P değerlerinde ise grup 2, önemli (p˂0,05), grup 3, 4, 5 ve 6 da önemsiz (p˃0,05) olduğu görüldü.
Ayakkabı işçilerinde sitogenetik incelemeler
(Uludağ Üniversitesi, 1993-02-10) Tunca, Berrin; Egeli, Ünal; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Çalışmamızda biri kadın, diğerleri erkek olan toplam 58 ayakkabı işçisi ve rasgele olarak seçilmiş biç bir mutajen ve kanserojen ajana maruz kalmamış 20 kişilik kontrol grubu üzerinde periferik kan lenfositleriyle, sitogenetik analiz yöntemi kullanılmıştır. Her iki grupta da, gap, kırık, asentrik fragman, rearrangement ve poliploididen oluşan hücresel hasarın sıklığı araştırılmıştır. Kromozomal hasar (Özellikle kromatid gap ve kırıkları) kontrol grubuna oranla, etkilenen grupta anlamlı bir şekilde yüksek bulunmuştur. Ayakkabı işçileri ve kontrol grubunu oluşturan bireylerin sigara kullanımları ve alkol alışkanlıkları hem kendi içlerinde hem de diğer grupla karşılaştırılmış, her iki durumda da karşılaşılmış her iki kriterler arasında bir ilişki bulunamamıştır. Ayrıca, çalışmaları sırasında benzenden etkilenme süresi ile kromozomal hasarın sıklığı arasında da anlamlı bir ilişki bulunamamıştır.
Bacillus cereus ATA179 suşundan lipaz üretimini artırmak için UV mutajeneziyle suş geliştirme, besinsel optimizasyon, enzimin kısmi saflaştırılması, karakterizasyon ve deterjan endüstrisindeki potansiyeli
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2020-06-11) Irianto, Vichi Sicha; Demirkan, Elif; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0001-6588-0422
Bu çalışmada, fiziksel mutajen UV ile muamele edilen Bacillus cereus ATA179 suşundan lipaz üreten 445 adet mutant elde edilmiştir. Maksimum lipaz üreten mutant suş seçilmiş ve Bacillus cereus EV4 olarak adlandırılmıştır. 24. saatte en yüksek enzim üretimi 10,6 U/ml ile elde edilmiştir. Bu mutant ana suştan %60 oranında daha fazla enzim üretmiştir. Besinsel optimizasyon çalışmalarında, en iyi karbon ve azot kaynakları sırasıyla sukroz (10,8 U/mL) ve (NH4)2HPO4 (15,3 U/mL), metal iyonu olarak CuSO4 (11 U/mL) saptanmıştır. Mutant EV4 besinsel koşulların optimize ederek yaratılan modifiye ortamda enzim üretiminde %32 artış göstermiştir. Kısmen saflaştırılmış enzimin optimum sıcaklık ve pH değerleri sırasıyla 60°C ve 7.0 olarak saptamıştır. Termostabilite çalışmalarında enzimin termostabil olduğunu tespit edilmiştir. CuSO4, CaCl2, LiSO4, KCl, BaCl2 ve Tween 20 enzim aktivitesi üzerine aktivatör etki yaptığı bulunmuştur. Vmax ve Km kinetik değerleri sırasıyla 17,36 U/mL ve 0,036 mM olarak saptanmıştır. Moleküler ağırlık yaklaşık 28,2 kDa bulunmuştur. Ham enzimin oda sıcaklığında 60 güne, +4ºC'de 75 güne, -20ºC'de 90 güne kadar aktivitesinin koruduğunu saptanmıştır. Enzimin deterjan sanayiinde potansiyel gücü araştırılmış ve enzimin deterjan katkı maddelerinden etkilenmediği ayrıca yağlı maddelerle kirletilmiş kumaşlarda yağın çıkarılmasında etkili olduğu saptanmıştır.
Bacillus cereus'un saflaştırılması, mikrobiyolojik ve biyokimyasal özelliklerinin incelenmesi
(Uludağ Üniversitesi, 2016) Turan, Duygu; Ergül, C. Cem; Türkel, Sezai; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada, Bacillus türlerinin baharatlardaki ve topraktaki varlığının belirlenmesi, mikrobiyolojik ve biyokimyasal özelliklerinin incelenmesi amacıyla marketlerde ambalajlı olarak satılan farklı markalardan alınan Piper nigrum (karabiber), Capsicum annuum (tatlı-acı kırmızı biber), Zingiber officinale (zencefil), Cuminum cyminum (kimyon), Ocimum basilicum (fesleğen), Thymus vulgaris (kekik), Salvia officinalis (adaçayı), Mentha piperita (nane), Origanum majorona (mercanköşk), Laurus nobilis (defne), karışık pizza baharatı ve hazır halde bulunan toprak preparatı incelenmiştir. Baharat örneklerinin petrilere ekimi sonucunda petrilerde bazı Bacillus türleri gözlenmiştir. Petrilerde yaygın olarak B. cereus kolonilerinin gözlenmesinin yanısıra sarı renkli, parlak ve sulu koloniler kaydedilmiştir. B. cereus'un yanısıra diğer Bacillus türlerinin de toksisitelerini belirlemek amacıyla farklı bir materyal olarak hazır toprak preparatları incelenmiştir. İncelenen toprak preparatlarından hazır olarak temin edilen DNA solusyonlarında toksisiteye neden olan genlerin varlığı araştırılmıştır. B. cereus ve B. thuringiensis'den izole edildiği bilinen ve Bialystok Üniversitesi Mikrobiyoloji laboratuarına hazır olarak getirilerek kullanılan DNA solüsyonlarında Hbl, Nhe ve Cry genlerinin varlığının olup olmadığı saptanmıştır.
Bacillus sp. suşlarından lipaz taranması, lipaz üretim koşullarının optimizasyonu, kısmi saflaştırılması, karakterizasyonu ve deterjan endüstrisindeki potansiyel uygulamaları
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2019-07-12) Abdou, Maoulida; Demirkan, Elif; Fen Bilimleri Enstitüsü; Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bu çalışmada, 341 Bacillus sp. suşundan 141'i hücre dışı lipaz üreticisi olarak bulunmuştur. En iyi lipaz üreten suş 16S rRNA ile tanımlandı ve Bacillus cereus ATA179 olarak adlandırıldı. Fiziksel parametreler arasında en iyi sonuçlar 45 ° C, pH 7.0, çalkalama hızı 50 rpm, aşılama miktarı %7 ve aşılama yaşı 24 saat idi. En iyi karbon kaynağı olarak sükroz, en iyi nitrojen kaynağı olarak (NH4) 2HP04, en iyi metal iyonu olarak CaCl2 elde edildi. Fiziksel parametreler arasında en iyi sonuçlar 45 ° C, pH 7.0, çalkalama hızı 50 rpm, aşılama miktarı %7 ve aşılama yaşı 24 saat olarak belirlenmiştir. ATA179 suşu, besinsel ve fiziksel koşulları optimize ederek yaratılan modifiye ortamda enzim üretiminde %51,1 artış göstermiştir. Kısmen saflaştırılmış enzimin optimum sıcaklığı ve pH değeri, sırasıyla 55 ° C ve 6.0 idi. Termostabilite ve pH stabilite çalışmaları, enzimin termostabil ve asidofilik olduğunu göstermiştir. CaCl2, Tween 20, Triton X-100, enzim aktivitesi üzerinde aktifleştirici bir etkiye sahipti. Vmax ve Km kinetik değerleri sırasıyla 18,28 U / ml ve 0,11 mM olarak bulunmuştur. Moleküler ağırlık yaklaşık 47 kDa olarak belirlenmiştir. Enzim aktivitesinin -20ºC'de 75 güne kadar stabil kaldığı bulunmuştur. Enzimin deterjan sanayiinde potansiyel gücü araştırılmış ve enzimin deterjan katkı maddelerinden etkilenmediği ayrıca yağlı maddelerle kirletilmiş kumaşlarda yağın çıkarılmasında etkili olduğu saptanmıştır. ATA179 bakterilerinin lipazı deterjan endüstrisinde kullanılma potansiyeline sahip olabilir.

Browse

Browsing by Department "Biyoloji Ana Bilim Dalı"