Boz ve yerli kara sığır ırklarında kalpain 1 p.ala316gly genotiplerine ait genetik varyasyonun belirlenmesi
Loading...
Date
2022-07-26
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Bursa Uludağ Üniversitesi
Abstract
Kalpain 1 (CAPN1) geni, mikromolar kalsiyum–aktive nötral proteaz geni olarak bilinir ve postmortem koşullarda miyofibriler proteinleri indirgeyen kalsiyum bağımlı sistein proteazı, μ-kalpaini ayrıştırır. Bu genin kas metabolizması ve gelişimi üzerinde önemli etkileri vardır. Bu gen, çeşitli sığır ırkları arasında geniş çapta çalışılmış olmasına rağmen, Türk yerli sığırları hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle bu çalışma, bazı Türk yerli sığır ırklarında CAPN1 p.Ala316Gly polimorfizmine ait genetik varyasyonu belirlemeyi amaçlamıştır. Bu kapsamda 99 Boz ve 41 Yerli Kara ırkı erkek sığır PCR-RFLP metodu kullanılarak genotiplendirilmiştir. Genotipik ve alelik frekanslar, Hardy-Weinberg dengesi (HWE), heterozigotluk (He), polimorfizm bilgi içeriği (PIC), efektif alel sayısı (Ne), fiksasyon indeksi (Fıs), olası varyasyon gerçekleşme düzeyi (%V) dahil olmak üzere popülasyon genetik parametreleri değerlendirilmiştir. Ayrıca Shannon-Weaver indeksi, Simpson dominantlık indeksi ve Gini katsayısını içeren biyoçeşitlilik indeksleri hesaplanmıştır. Sonuçlar, GG genotipinin her iki yerli ırkta da oldukça baskın olduğunu ortaya koydu. Öte yandan, toplam popülasyonda CC genotipinin bulunmadığı gözlenmiştir. Bu durum dikkate değer düzeyde düşük C alel frekansıyla sonuçlanmıştır (Boz ve Yerli Kara için sırasıyla 0.13 ve 0.12). Fisher’ın kesin testi, HWE’den sapma oldğunu, popülasyon genetiği parametreleri ise, incelenen ırklarda oldukça düşük bir genetik varyasyon düzeyi olduğunu göstermiştir. Bu gözlem, düşük seviyedeki biyolojik çeşitlilik seviyeleri ile desteklenmiştir. Nitekim CAPN1 markörü, Boz ve Yerli Kara sığırları için düşük seviyede bilgilendiricilik göstermiştir ancak Türkiye’deki yerli sığır ırklarının genetik karakteri hakkında ileride yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır. Yerli ırklarda yapılacak moleküler genetik çalışmalar, önemli biyolojik süreçlerle ilgili daha geniş perspektifleri ortaya koymak ve büyüme, kas gelişimi ve yemden yararlanma gibi kompleks özelliklerin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için teşvik edilmelidir.
Description
Bu çalışma, 1-3 Eylül 2021 tarihlerinde Edirne[Türkiye]'de düzenlenen III. International Agricultural, Biological, and Life Science Conference (AGBIOL 2021)'da bildiri olarak sunulmuştur.
Keywords
Boz ırk, Yerli kara, CAPN1, Tek nükleotit polimorfizmi, Popülasyon genetiği, Turkish grey steppe cattle, Anatolian black cattle, Single nucleotide polymorphism, Population genetics
Citation
Ardıçlı, S. ve Çobanoğlu, Ö. (2022). "Boz ve yerli kara sığır ırklarında kalpain 1 p.ala316gly genotiplerine ait genetik varyasyonun belirlenmesi". Veteriner Hekimlikte Araştırma Dergisi, 41(1), 55-61.