Welcome to the Uludag University Academic Repository!
Bursa Uludağ University aims to contribute to the advancement of science and technology by adopting clear, repeatable and reliable research outputs and applications; is committed to the broad dissemination of knowledge for the benefit of society and all external stakeholders.
BUU Open Access System offers scientific and artistic products such as books, articles, theses, encyclopedias and works of art produced by our faculty members and students in accordance with international standards and intellectual property rights.
Bursa Uludağ University is a leading institution using DSpace.
Recent Submissions
Atipik teratoid rabdoid tümörde uzun kodlanmayan RNA’ların polikomb baskılayıcı kompleks 2 üzerindeki düzenleyici etkilerinin in-vitro ve retrospektif olarak araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-01-10) Gürbüz, Melisa; Tunca, Berrin; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0003-3972-1289
Atipik teratoid / rabdoid tümör (AT/RT), merkezi sinir sisteminin (MSS) nadir ve agresif pediatrik bir beyin tümörüdür. AT/RT patogenezinde ana olay, SWI/SNF kromatin yeniden modelleyici kompleksin üyesi SMARCB1 proteinini kodlayan gendeki kayıp sonucu bu proteinin antagonistiği polikomb baskılayıcı kompleks 2 (PRC2) alt birimi enhansır zeste homolog 2 (EZH2)’nin anormal üretimi ve tümör baskılayıcı gen bölgelerinin histon 3’ün 27. lizin kalıntısında istenmeyen trimetilasyon (H2K27me3) birikimi gerçekleşmesidir. H3K27me3 birikiminin önüne geçebilmek için tazemetostat bileşiği faz çalışmaları devam eden bir EZH2 inhibitörüdür. Farklı kanserlerin PRC2 aktivitesinde EZH2’ye bağlanabilen uzun kodlanmayan RNA’ların (LncRNA), kompleksi genlere yönlendirilerek H3K27me3 oluşumundaki önemi tanımlanmış olmasına rağmen AT/RT’de PRC2’nin lncRNA temeli bilinmemektedir. Mevcut tez çalışmasında EZH2’ye bağlı lncRNA’ların tanımlanması ve etkinliklerinin araştırılması ve lncRNA MALAT1’in inhibisyonuyla H3K27me3 seviyeleri başta olmak üzere hücrelerin agresifliğinde etkili migrasyon, invazyon ve tümör boyutu üzerindeki etkilerinin tazemetostat ile kıyaslanarak araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaç ve hedefler doğrultusunda EZH2 proteinine bağlı lncRNA’ları belirlemek için RNA immünopresipitasyon (RIP) yöntemi kullanılmıştır. MALAT1 inhibitörü ve tazemetostat varlığında, H3K27me3 seviyelerindeki değişkenlik immünofloresan yöntemi ile, kanser hücrelerinin agresifliğine etkisi yara iyileşmesi, transwell sistem invazyon testi ve 3D tümör oluşturabilme deneyleri ile araştırılmıştır. İn vitro araştırmalar, AT/RT tanısı almış 10 hastanın tümör doku örneklerindeki lncRNA seviyeleri ile klinikopatolojik verileri arasındaki ilişkilendirme çalışmasıyla klinik düzeyde desteklenmiştir. Sonuçta, nadir bir beyin tümörü AT/RT için ilk defa PRC2 aracılı lncRNA düzenlemesinin önemi agresiflik ve klinikopatolojik açıdandan değerlendirilmiştir. Ayrıca, bu lncRNA’lardan MALAT1’i hedeflemenin AT/RT için EZH2 aracılı PRC2 inhibisyonuna alternatif terapötik hedef olabileceği gösterilmiştir.
İnfluenza ve RSV test sonuçlarının BioFire solunum yolu etkenleri Multiplex PZR testi (22 etken) ve BD Max Respiratory Viral Panel (Solunum Paneli 3’lü) kitleri ile karşılaştırılması: Retrospektif bir çalışma
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-06-03) Sevil, İdil; Ağca, Harun; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı; 0009-0003-7565-0438
Respiratuvar Sinsisyal Virüs (RSV), zarflı, tek sarmallı negatif RNA virüsüdür ve çocuklarda en sık görülen akut alt solunum yolu enfeksiyonlarına neden olur. A ve B tipi olmak üzere iki tipi bulunur, damlacık yoluyla bulaşır. Enfeksiyon belirtileri arasında burun akıntısı, öksürük, ateş, hışıltı ve nefes darlığı yer alır. Pnömoni, bronşiyolit gibi ciddi komplikasyonlara yol açabilir. Özellikle prematüre bebekler, kronik hastalığı olanlar ve bağışıklığı zayıf kişiler risk altındadır. Korunmada palivizumab adlı monoklonal antikor kullanılır. İnfluenza (Grip) ise Orthomyxoviridae ailesinden, negatif yönlü RNA virüsüdür. A, B, C ve D türleri vardır; en yaygın olanı İnfluenza A’dır. İnsanlara ve hayvanlara bulaşabilir. Damlacık yoluyla kolayca yayılır ve yüksek bulaşıcılığa sahiptir. Bu çalışmada, Bursa Uludağ Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) laboratuvarına gönderilen nazofaringeal sürüntü örneklerinde RSV, İnfluenza A ve B’nin BioFire Solunum Yolu Etkenleri Multiplex PZR Testi ve BD Max Respiratory Viral Panel kitleri ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca bu etkenlerin moleküler alt tiplendirilmesi, mevsimsel dağılımları ve yaş ile cinsiyet ilişkileri değerlendirilmiştir. Çalışma kapsamında, 0-86 yaş aralığındaki 200 hasta örneği analiz edilmiştir. BioFire testi ile RSV, İnfluenza A/B pozitifliği veya negatifliği saptanan örnekler, BD Max Respiratory Viral Panel ile tekrar değerlendirilmiştir. Sonuçlar karşılaştırılarak test yöntemlerinin etkinliği analiz edilmiştir.
Bursa bölgesinde subklinik ve klinik mastitisli sığırlarda Staphylococcus türlerinin antibiyotik direnç profillerinin fenotipik ve bazı moleküler yöntemlerle belirlenmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-05-22) Beker, Selda; Demirbilek, Serpil Kahya; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0002-3591-1643
Bu çalışma, sütçü sığırlarda subklinik ve klinik mastitise sebep olarak önemli kayıplara yol açan Stafilokok türlerini izole ve identifiye etmek, Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) varlığı ve oranını belirlemek, izole edilen Stafilokok türlerinin antibiyotik duyarlılıklarının ve bazı virülens genlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesini sağlamak amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla, farklı çiftliklerden toplanan 350 adet süt örneğinden tuz zenginleştirme kültürü yöntemiyle 204 Stafilokok izolatı elde edilmiş ve bunlar BD Phoenix™100 ve Matris destekli lazer desorpsiyon/ iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) cihazı ile de Staphylococcus spp. olarak tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS ile izolatların 119'unun tür düzeyinde ve 85'inin cins düzeyinde doğru bir şekilde tanımlandığı belirlenmiştir. Tanımlanan izolatların %47,5’inin (97) klinik ve %52,4’ünün (107) subklinik mastitise sebep olduğu tespit edilmiştir. BD Phoenix™100, izolatların %100'ünü Staphylococcus aureus (S. aureus) (39/39) olarak tanımlarken buna karşılık, MALDI-TOF MS, izolatların %94,8'ini S. aureus olarak tanımlamıştır (37/39). S. aureus izolatlarının spa %83,7 (31/37) ve nuc %86,4 (32/37) genlerini taşıyıp taşımadıkları PCR ile doğrulanmıştır. Yine PCR yöntemini kullanarak beta-laktam antibiyotik direncine (beta-laktamaz-penisilinaz) sebep olan genler, mecA %0,9 (2/204) ve blaZ %17,6 (36/204) başarıyla tespit edilmiş ancak izolatların hiçbirinde mecC ve Panton-Valentine Lökosidin (PVL) genlerine rastlanmamıştır. İzolatlar en yüksek direnci %53,9 ile ampisilin ve %52,4 ile penisiline gösterirken, toplam %18,6 (38/204) izolat çoklu ilaca dirençli (Multi-drug Resistance (MDR)) olarak sınıflandırılmıştır. MALDI-TOF-MS'den elde edilen sonuçlar, istatistiksel analizle doğrulandığı üzere, BD Phoenix™100'den elde edilen bulgularla %41,7'lik bir uyum oranı göstermiştir (p <0.001). Bu uyum düzeyi, iki yöntem arasında önemli oranda bir farklılık olduğunu göstermektedir.
Saanen ırkı keçilerde, POU1F1 gen yolağında bulunan genlere ait polimorfizmlerin büyüme ve üreme özellikleri ile ilişkisinin belirlenmesi
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2025-06-23) Şentürk, Nursen; Ardıçlı, Sena; Sağlık Bilimleri Enstitüsü; Veterinerlik Genetiği Ana Bilim Dalı; 0000-0003-1975-0103
Keçi yetiştiriciliği; süt, et, deri ve kıl üretimi gibi verim özellikleri için tercih edilmektedir ancak geleneksel ıslah yöntemleri kullanılarak bu özelliklerin iyileştirilmesinde büyük bir genetik ilerleme elde etmek oldukça zordur. Büyüme ve üreme özellikleri; üretimdeki karlılığın yanı sıra, sürdürülebilir keçi yetiştirme programlarında ve keçi genetiğinde önemli ekonomik etkileri olan fonksiyonel özelliklerdir. Ancak büyüme ve üreme özellikleri; genetik varyasyonların ilişkisini çözmek için çok önemli olan birden fazla genin kontrolü altındadır. Bu nedenle; bu tez çalışmasında, Saanen ırkı dişi keçilerde PITX1 (c.490G>A), PITX2 (g.18353T>C), LHX3 (g.8035T>C), PROP1 (c.236C>T) ve POU1F1 (c.837T>C ile c.771+215C>T) polimorfizmlerinin frekanslarının belirlenmesi ve bu polimorfizmlerin büyüme ve üreme özellikleriyle ilişkisinin ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışmada, toplam 150 baş Saanen keçisi genotiplendirilmiştir. Doğum ağırlığı, bir batındaki yavru sayısı, günlük canlı ağırlık artışı, toplam canlı ağırlık artışı, ilk damızlıkta kullanım ağırlığı, vücut uzunluğu, göğüs çevresi, sağrı genişliği, sağrı yüksekliği, cidago yüksekliği, baş uzunluğu, kulak uzunluğu ve alın genişliği olmak üzere büyüme ve üreme özellikleriyle ilişkisi incelenmiştir. LHX3 (g.8035T>C) polimorfizminin bir batındaki yavru sayısı ile ilişkili olduğu (P<0,05), PITX1 (c.490G>A) polimorfizminin doğum ağırlığına etkili olma eğiliminde olduğu saptanmıştır (P<0,1). Elde edilen sonuçlar, ilk defa bu tez çalışmasında saptanmıştır. Bu çalışmada etkileri belirlenen polimorfizmlerin keçi yetiştiriciliğinde büyüme ve üreme özelliklerinin geliştirilmesi için kullanılabileceği sonucuna varılmıştır ancak ilgili sonuçların daha geniş popülasyonlarda tekrar edilmesi, tez çalışması sonuçlarının güvenilirliği için oldukça önemlidir.