Türkiye’de yetiştirilen bazı makarnalık buğday çeşitlerinde genetik farklılıkların belirlenmesi
Loading...
Date
2011-01-10
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Uludağ Üniversitesi
Abstract
Bu çalışma yurdumuzda tescil edilmiş ve tarımı yapılan makarnalık buğday (Triticum durum Desf.) çeşitleri arasındaki genetik çeşitliliği RAPD yöntemi ile inceleme amacıyla Uludağ Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü Tohumluk Laboratuarında yürütülmüştür. Çalışmada 14 adet makarnalık (Triticum durum Desf.) buğday çeşidi kullanılmıştır. RAPD analizi sonuçlarına göre, kullanılan 45 primerden 27 tanesi polimorfik, 1 tanesi monomorfik bantlar oluşturmuştur. Çalışılan makarnalık buğdaylarda ortalama polimorfizm oranı % 66.7 olarak saptanmıştır. Polimorfik primerlerden, toplam 200 PCR ürününden 129 tanesi polimorfik olarak belirlenmiştir. Elde edilen DNA bantlarının büyüklükleri 300-4000 bç arasında saptanmıştır. Primer başına düşen bant sayısı 2 ile 12 arasında değişmiştir. Polimorfik primer başına elde edilen ortalama bant sayısı 7.14, polimorfik primer başına elde edilen ortalama polimorfik bant sayısı ise 4.77 olarak belirlenmiştir. Makarnalık buğday çeşitleri arasındaki genetik benzerlik indeksi 0.434-0.874 arasında değişim göstermiştir. UPGMA (Aritmetik Ortalamayı Kullanan Ağırlıksız Çift Grup Metodu) metodu kullanılarak çizilen dendrogramda makarnalık buğdayların 6 grupta toplandığı gözlenmiştir. Bu analiz sonucuna göre, makarnalık buğday çeşitlerinde genetik olarak birbirine en yakın çeşitlerin Çakmak79 ve Kızıltan-91, genetik olarak birbirine en uzak çeşitlerin ise Ege-88 ve Ankara-98 olduğu saptanmıştır.*Makarnalık buğday çeşitleri arasındaki genetik varyasyonun tespit edilmesi amacıyla kullanılan Temel Bileşenler Analizi (PCA) sonucunda ise makarnalık buğdayların 8 grup oluşturduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre çeşitler arasında varyasyon bakımından Fuatbey-2000, Çakmak-79, Altıntaş-95, Kızıltan-91, Amanos-97, Meram-2002 ve Kunduru-1149 çeşitleri aynı grupta toplanmışlardır. Bunun yanı sıra Gediz-75, Yelken ve Çeşit-1252 çeşitleri kümeleme analizi sonucunda dendrogramda aynı grupta yer almasına rağmen PCA sonucu farklı bölgelerde yer almışlardır. Bu çalışma ile ülkemizde tescil edilmiş makarnalık buğday çeşitleri arasında göreceli olarak dar bir genetik farklılığın bulunduğu ve bitki ıslahı programlarında uygun anaçların seçiminde genotiplerin benzerliklerinin saptanmasında RAPD markörlerinden yaralanılabileceği sonucuna varılmıştır.
This study was carried out at the Seed Laboratory of the Department of Field Crops, Faculty of Agriculture, University of Uludag in order to determine the genetic diversity of durum (Triticum durum Desf.) wheat varities registetred and cultivated in our country. In this research 14 durum wheats were used. On the basis of RAPD analysis, out of 45 primers 27 primers for durum wheat were polymorphic and 1 primer formed monomorphic bants. The polymorphism were determined 66.7 % for durum wheat. For durum wheats, polymorphic primers detected 200 bands and 129 of them polymorphic. DNA fragment size ranged from 300-4000 bp in durum wheats. Fragments per primers ranged from 2-12. The average number of fragments per polymorphic primer was found 7.14 and the average number of polymorphic fragments per polymorphic primer was detected as 4.77. Genetic similarity matrix changed into 0.434 to 0.874. Using UPGMA (The unweighted pair grouping method of arithmetic averages) to cluster data it was seen that durum wheat varities were grouped into six cluster. The result of the analysis indicated that for durum wheats the highest similarity was between Çakmak-79 and Kızıltan-91 whereas the genetic distance between Ege-88 and Ankara-98 was the lowest. At the result of Principal Component Analysis (PCA), used for detecting the genetic variation between wheat varieties, 8 groups for durum wheat were determined. The result of analysis showed that for the variation between varities, Fuatbey-2000, Çakmak-79, Altıntaş-95, Kızıltan-91, Amanos-97, Meram-2002 and Kunduru-1149 varities were in the same group. On the other hand, Gediz-75, Yelken and Çeşit-1252 varities were found different parts at the result of PCA while they were determined at the same group in the dendogram of cluster analysis. The result of the study indicated that the registered varieties in Turkey, possesed relatively narrow genetic background and concluded that to determine the genetic similarity of genotypes for selecting proper parents in breeding programmes RAPD technique can be used as a molecular genetic marker.
This study was carried out at the Seed Laboratory of the Department of Field Crops, Faculty of Agriculture, University of Uludag in order to determine the genetic diversity of durum (Triticum durum Desf.) wheat varities registetred and cultivated in our country. In this research 14 durum wheats were used. On the basis of RAPD analysis, out of 45 primers 27 primers for durum wheat were polymorphic and 1 primer formed monomorphic bants. The polymorphism were determined 66.7 % for durum wheat. For durum wheats, polymorphic primers detected 200 bands and 129 of them polymorphic. DNA fragment size ranged from 300-4000 bp in durum wheats. Fragments per primers ranged from 2-12. The average number of fragments per polymorphic primer was found 7.14 and the average number of polymorphic fragments per polymorphic primer was detected as 4.77. Genetic similarity matrix changed into 0.434 to 0.874. Using UPGMA (The unweighted pair grouping method of arithmetic averages) to cluster data it was seen that durum wheat varities were grouped into six cluster. The result of the analysis indicated that for durum wheats the highest similarity was between Çakmak-79 and Kızıltan-91 whereas the genetic distance between Ege-88 and Ankara-98 was the lowest. At the result of Principal Component Analysis (PCA), used for detecting the genetic variation between wheat varieties, 8 groups for durum wheat were determined. The result of analysis showed that for the variation between varities, Fuatbey-2000, Çakmak-79, Altıntaş-95, Kızıltan-91, Amanos-97, Meram-2002 and Kunduru-1149 varities were in the same group. On the other hand, Gediz-75, Yelken and Çeşit-1252 varities were found different parts at the result of PCA while they were determined at the same group in the dendogram of cluster analysis. The result of the study indicated that the registered varieties in Turkey, possesed relatively narrow genetic background and concluded that to determine the genetic similarity of genotypes for selecting proper parents in breeding programmes RAPD technique can be used as a molecular genetic marker.
Description
Bu çalışma, Bursa Uludağ Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünde Köksal Yağdı'nın danışmanlığında Esra Aydoğan Çifci tarafından hazırlanan "Türkiye'de yetiştirilen bazı buğday çeşitlerinde genetik farklılıkların RAPD-PCR yöntemi ile belirlenmesi" adlı doktora tezine dayanılarak hazırlanmıştır.
Keywords
Makarnalık buğday, RAPD-PCR, Genetik çeşitlilik, Polimorfizm, Durum wheat, Genetic diversity, Polymorphism
Citation
Çiftci, E. A. ve Yağdı, K. (2011). "Türkiye’de yetiştirilen bazı makarnalık buğday çeşitlerinde genetik farklılıkların belirlenmesi". Uludağ Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 25(2), 7-18.