Ty2 retrotranspozonu transkripsiyonunun düzenlenmesine kromatin modifiye edici faktörlerin etkilerinin analizi
Loading...
Date
2005-09-29
Authors
Yenice, Bükay
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Uludağ Üniversitesi
Abstract
Eukaryotlarda kromatin yapısı genlerin ifadesinin kontrolüne çok fazla etki eder. Nükleozomlar ve non-histon proteinler oldukça düzenli kromatin yapısı oluşturan başlıca faktörlerdir. Kromatin yapısını değiştiren kompleksler spesifik transkripsiyon faktörlerine etki ederek veya hedef genlerin kontrol bölgelerindeki kromatin yapısını değiştirerek gen ifadesini değiştirebilirler. Bu çalışmada Ty2-lacZ gen füzyonları ve özel mutant S. cerevisiae suşları kullanılarak kromatin yapısını değiştiren komplekslerin retrotranspozon Ty2-917 transkripsiyonuna etkileri araştırıldı. Retrotranspozonlar herhangi bir hastalığa neden olmazlar fakat patojenik retrovirüslere genetik olarak benzerlik gösterirler. Bundan dolayı retrotranspozon Ty2-917 retrovirüslerde gen ifadesinin kontrol mekanizmalarını analiz etmek için iyi bir model sistem olarak çok yoğun olarak kullanılmaktadır. Bu tez araştırmalarının sonuçları Ty2 transkripsiyonunun da kromatin yapısını değiştiren kompleksler tarafından düzenlendiğini göstermektedir. Non-histon proteinleri ve histon asetil transferaz aktivitesinin yokluğu Ty2-917 transkripsiyonun da birkaç kat azalma ile sonuçlandı. Fakat elde ettiğimiz sonuçlar histon deasetilazların Ty2-917 transkripsiyonuna herhangi bir etkisinin olmadığını da gösterdi. Bunlara ek olarak, bu araştırmada elde edilen diğer sonuçlar da Ty2-917 transkripsiyonun düzenlenmesi için Med2p gibi bazı transkripsiyon mediatörlerinin de gerekli olduğunu gösterdi.
Chromatin structure has the large effects on the regulation of gene expression in eukaryotes. Nucleosomes and non-histone proteins are the major factors that form highly ordered chromatin structures. Chromatin modifying complexes can alter the gene expression either by acting on the specific transcription factors or by changing the chromatin structure over the control regions of the target genes. In this study, the effects of chromatin modifying complexes on the transcription of retrotransposon Ty2-917 were investigated using Ty2-lacZ gene fusions and the specific mutant S. cerevisiae strains. Retrotransposons do not cause any disease but they have genetic similarities to pathogenic retroviruses. Hence, retrotransposon Ty2-917 has been extensively used as a good model system to analyze the control mechanisms of gene expression in retroviruses. Results of this thesis research indicated that the transcription of Ty2 is also regulated by chromatin modifying complexes. Lack of non-histone proteins and histone acetyl transferase activity resulted in several fold decrease in the transcription of Ty2-917. However, our results also showed that histone deacetylases have no effects on the Ty2917 transcription. In addition, results of this study also indicated that the some of the transcription mediators such as Med2p are essential for the transcriptional regulation of Ty2-917.
Chromatin structure has the large effects on the regulation of gene expression in eukaryotes. Nucleosomes and non-histone proteins are the major factors that form highly ordered chromatin structures. Chromatin modifying complexes can alter the gene expression either by acting on the specific transcription factors or by changing the chromatin structure over the control regions of the target genes. In this study, the effects of chromatin modifying complexes on the transcription of retrotransposon Ty2-917 were investigated using Ty2-lacZ gene fusions and the specific mutant S. cerevisiae strains. Retrotransposons do not cause any disease but they have genetic similarities to pathogenic retroviruses. Hence, retrotransposon Ty2-917 has been extensively used as a good model system to analyze the control mechanisms of gene expression in retroviruses. Results of this thesis research indicated that the transcription of Ty2 is also regulated by chromatin modifying complexes. Lack of non-histone proteins and histone acetyl transferase activity resulted in several fold decrease in the transcription of Ty2-917. However, our results also showed that histone deacetylases have no effects on the Ty2917 transcription. In addition, results of this study also indicated that the some of the transcription mediators such as Med2p are essential for the transcriptional regulation of Ty2-917.
Description
Keywords
Transkripsiyon, Kromatin, Ty elementleri, S. cerevisiae, Retrotranspozon, Transcription, Chromatin, Ty elements, Retrotransposon
Citation
Yenice, B. (2005). Ty2 retrotranspozonu transkripsiyonunun düzenlenmesine kromatin modifiye edici faktörlerin etkilerinin analizi. Yayınlanmamış yüksek lisans tezi. Uludağ Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.